中心实行理事会领导下的主任负责制，理事会是中心最高决策机构，由各共建单位主管领导、中心主任、中心学术委员会主任组成。理事会的主要职责是：负责与中心主管部门沟通协调；制定中心发展战略与研究方向；审议批准中心的重要政策和规章制度；聘任学术委员会成员、国际咨询委员会成员、中心主任和各研究平台主任；其他需要决策的重大事项。
理事长：
侯建国 （中国科学技术大学校长、教授、院士）
理事会成员（按姓氏笔划排序）：
王贻芳 （中国科学院高能物理研究所所长、研究员）
朱长飞 （中国科学技术大学副校长、教授）
吴岳良 （中国科学院大学副校长、教授、院士）
