中心设管理委员会由中心主任、及各协同单位成员构成：中国科学技术大学2人、科学院高能物理所2人，其他协同单位及参加单位各1人，共13人组成。在理事会指导下，管理委员会负责制定中心人事招聘、管理制度以及各项方针政策。
管理委员会委员：
赵政国（中国科技大学教授，院士）
韩 良（中国科技大学教授，杰青）
苑长征（中科院高能物理研究所研究员，杰青）
娄辛丑（中科院高能物理研究所研究员）
高原宁（清华大学教授，杰青）
黄性涛（山东大学教授）
杨海军（上海交通大学教授）
蔡荣根（中科院理论物理研究所研究员，杰青）
乔从丰（中国科学院大学教授）
冒亚军（北京大学教授）
刘玉斌（南开大学教授）
陈申见（南京大学教授）
罗民兴（浙江大学教授，杰青）
